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將卵放入孵化盤中，這就是所謂的孵化。然后將孵化托盤放在孵化推車上，然后將孵化推車推入培養箱。但在此過程中，應注意，大端應該向上，小端應該向下。同時，我們必須把握時間，下蛋的時間是下午4到5點左右。這樣，雛雞可以在白天孵化，有利于雛雞的管理。第二步是啟動。在啟動之前，必須仔細檢查每個系統是否正常運行，然后測試機器。進行記錄，然后根據現場的孵化時間確定合適的啟動時間。通常，肉雞的孵化時間約為21天，但應增加機器溫度在啟動后升至設定的孵化溫度的時間。由于環境溫度不同，提前約1至10小時。第三步是在孵化器中對卵進行消毒，這對于這一步非常重要。當培養箱中的溫度達到34°C時，可以通過甲醛熏蒸等方法進行消毒。熏蒸半小時后，應打開盒子的門，以迅速排出消毒氣體。應該注意的是，有時由于許多原因，有必要增加消毒次數，但應在開始后的24至96小時內避免。在這個階段，雞胚對甲醛氣體非常敏感，因此避免使用。
第四步就是孵化溫度、濕度和通風量等的控制，對于孵化溫度，它是孵化的首要條件。種蛋的孵化必須需要適宜的孵化溫度，對于種蛋的大小、品種和環境溫度等一系列的原因，孵化的溫度應該會稍有變化，所以應該根據胚胎發育的情況進行適宜的調整溫度。對于孵化濕度，它的重要性主要在出雛階段。出雛時候的相對濕度不能夠低于60%，理想的濕度應該是保持在65%~70%左右。如果說濕度較高，可能會出現雛雞啄殼等現象，如果濕度較低，就會出現粘毛等的現象，影響出雛。孵化階段前六天應該為60%~55%，六天后保持在50%左右就可以了。需要高度重視的是，由于濕熱的穿透力強，同樣溫度下可能會使胚胎吸收的熱量增加。
再就是孵化階段的通風量，因為胚胎發育需要良好的空氣環境，而數量眾多的種蛋又密集在非常狹小的空間內。所以電孵化器都應該設有大風扇和進出氣孔等，只要孵化器的大風扇能夠正常的轉動，無論進出口的開啟程度大小，孵化器內都不會嚴重缺氧。然后是照蛋，目的就是為了能夠檢查出那些死胚蛋等，同時還可以觀察出雞胚的發育狀況。然后根據標準的發育情況進行比較，來調節孵化的溫度等。
對于那些雞胚粘殼的現象我們可以進行翻蛋，定期定時進行翻蛋，當然條件允許的話還可以用電孵化箱進行自動翻蛋。當孵化18天后將蛋從孵化器移動到出雛器內叫做落盤，落盤的時候應該輕、快、穩，并且對其進行消毒。在正常情況下孵化19天就會有啄殼出現了20天左右就有少量的出雛了，可以選擇用電孵化器進行出雛，適宜的辦法就是集中一次進行揀雛。但是不需要多次揀雛，因為不但不能增加雛雞數，還有可能會增加勞動量和電力的消耗。
Z后就是出雛器的清洗消毒了，出雛完成后出雛器內肯定會有大量的絨毛。并且出雛器內的高溫很適合細菌繁殖，所以出雛后就應該及時的消毒。整個孵化操作過程大體就是這個樣子了，但是根據不同的情況可能會有不一樣的變化。所以大家可以根據季節等因素，進行增加或者減少孵化程序。
